Kazaskerliği sırasında kethüda olarak yanına aldığı Börklüce Mustafa, Bedreddin’in sürgüne gitmesiyle beraber Aydın’a döner. Burada Osmanlı idaresinden memnun olmayan köylüleri ve yoksul dervişleri etrafına toplayarak isyan eder. İsyanın merkezi Karaburun Yarımadası’dır. İsyancıların sayısını Bizanslı tarihçi Dukas 6.000, Osmanlı tarihçilerinden Şükrullah bin Şehabettin 4.000, İdris-i Bitlisî ise 10.000 olarak verir. İsyanı bastırmak üzere harekete geçen Saruhan Beyinin ordusu bozguna uğrar. Bunun üzerine Sultan Çelebi Mehmed (I. Mehmed) oğlu Murat ile veziri Beyazıt Paşa’yı bölgeye yollar. İsyan bastırılır, isyancılar Börklüce Mustafa’nın gözü önünde kılıçtan geçirilir. Börklüce Mustafa ise bir deve üzerinde çarmıha gerilerek öldürülür ve şehirde dolaştırılır.
Börklüce isyanıyla muhtemelen aynı zamanlarda, Manisa civarında Torlak Kemal liderliğinde bir isyan daha patlar. Daha küçük olan bu isyan da şiddetle bastırılır ve isyancılar öldürülür.
Börklüce Mustafa ve Torlak Kemal isyanlarının Bedreddin’in onayıyla gerçekleşip gerçekleşmediği belirsizdir. Ancak bu kişilerin Bedreddin’in müritleri olduğu konusunda tüm kaynaklar hemfikirdir.
Bedreddin gizlice Sinop limanından Rumeli’ye kaçar ve Deliorman bölgesinde Alevi Türkmenlerin yoğun yaşadığı bölgelerdeki propaganda faaliyetleri yürütür. Üzerine gönderilen Osmanlı kuvvetleri isyanı bastırır ve Şeyh Bedreddin yakalanarak Serez’e, padişah I. Mehmed’in huzuruna getirilir. I. Mehmed, Şeyh Bedreddin’in idamını infaz etmeden önce ulemaya danışır ve fetva ister. Şeyhülislam ve beraberindekilerin kararı idam olmuştur. Şeyh Bedreddin 1420’de Serez çarşısında idam edilmiştir.
